21세기 한국 해외선교의 방향은 미전도종족선교 위주로 나가야 한다는 주장이 제기됐다．또 의료선교가 지나치게 대형교회 위주로 진행되는 데다 재정이 취약해 선교전략 전문연구기관이 드물다는 문제점이 드러났다．피부비뇨기과의 김정찬원장은 기독교의료선교협회가 최근 펴낸 ‘의료와 선교’ 봄호에서 “나라 단위의 전도나 교회개척은 1980년대 후반에 종결됐다”고 지적하고 “세계에는 인도네시아나 필리핀처럼 다종족으로 구성된 나라가 많은 만큼 나름대로의 고유성과 주체성을 가진 종족들을 선교의 대상으로 삼아야 한다”고 주장했다．김원장은 이어 세계 미전도 종족의 수는 1만2000여개라고 주장하고 특히 세계에서 가장 복음화되지 않으면서 세계 미전도 종족의 95%,세계 빈민의 85%를 차지하는 10/40창 지역이 미전도 종족 선교의 주된 표적이라고 설명했다．김원장은 미전도 종족 선교에 대해 선교사 중심의 선교가 아닌 지교회 중심의 선교를 강화해야 한다고 주장했다．그는 “각 교회가 한 종족을 입양,그 종족으로하여금 자생력과 생명력을 가지고 교회를 세우고 복음화하도록 도와야 할 것”이라고 덧붙였다．박종철 기독교의료선교협회 부회장은 ‘한국 의료선교의 현주소’를 통해 의료선교의 문제점으로 대형교회 위주의 선교,의료선교 재정취약,교회의 선교사역에 대한 무지 등을 꼽았다．박부회장은 또 현지주민에 대한 수혜적인 성격의 선교를 지양하고 겸손한 자세를 통해 한국교회 선교에 대한 신뢰감을 해당국 국민들에게 심어줘야 한다고 주장했다．주승중 숭덕교회 목사는 ‘변화선상의 한국선교’ 기고문에서 “한국교회의 가장 큰 문제점은 사회성의 결여”라고 고백한 뒤 한국교회는 사회를 섬기는 디아코니아(봉사)로서의 교회모습을 회복해야 한다”고 주장했다．주목사는 특히 지난해 한국갤럽이 주관한 ‘개신교인 의식조사 보고서’를 인용 “한국교회의 가장 중요한 과제중 하나가 비종교인들에게 비춰진 부정적인 이미지를 바꾸는 것”이라고 말하고 “의료선교와 같은 섬김과 봉사를 통해 한국교회가 한단계 더 성숙돼야 한다”고 강조했다．