1889년 이전까지는 미국 북장로회와 미국 북 감리교의 양대 선교회 이외에는 한국에 존재하지 않았다. 이후로 여러 교파의 선교 단체가 속속도래하게 되자 자칫 잘못하면 선교사들 사이에 불화와 대립이 발생할염려가 없지 않아 있었다.그러나 각 교파들 사이에 협동만 이루어진다면모든 교인을 한데 묶어 하나의 교회를 형성할 가능성도 전혀 없지는 아니하였다.1890년 [선교사 연합 공의회] (United Coyncil of Missions in Korea)는 그것을 목적하여 탄생하였다. (Charles A.Clark,The Nevius Plan ofMission Work in Korea, PP.104-105) 창립 회합에서 미국 북장로회의헤론(John W.Heron,)의사가 의장이 되었고, 호주 장로회의 데이비스(J.Henry Davis)목사가 서기로 선임되었으며, 언더우드 목사와 기포드 (D,L.Gifford)목사 그리고 알렌(H.Newton Allen) 의사등이 참석하였다.마펫(Samuel A. Moffett)목사는 제2차 회합부터 참석하였다. 그러나 이회합은 호주 선교회의 유일의 대표인 데이비스 목사가 별세하게 되자미국의 북장로회만으로는 존재할 의의가 없어져 3,4개월이 지나면서 자연히 해체되고 말았다.그러다가 1892년 미국 남장로회 소속의 선교사들이 도래하게 되어1893년 1월 28일 [장로회 선교사 공의회] (The Council of Missions Holdingthe Presbyterian Form of Government)가 빈튼 (C.C Vinton) 박사의 집에서 회합하였는데, 여기에는 장로회 계통의 선교사들 전원이 참석하였다.이 회의는 [개혁 신앙과 장로회 정치를 준행하는 하나의 한국교회를조직하는 것] 을 목적으로 설정하였고 한국에서 [대한예수교 장로회]라는기구가 정립되기 전까지 전국 교회에 대한 상회의 역할을 자연히 수행할 수밖에 없었다. 그렇지만 이 회가 결코 공식적 기구를 아니었으며다만 상호간의 친교와 상담과 조언하는 회합에 불과하였고 권리 행사를여전히 각자의 선교회가 소유하고 있었다.1893년 1월에 열린 첫 회의에서 미국 남장로회는 충청도와 전라도의호남지방에서 선교하기로 약정 되었고 미국 북장로회는 이미 선교를 개시한 모든 지역에서의 선교 기득권을 인정 받았다. 부산 지역에서는 북장로회와 호주 장로회가 함께 선교하고 있었기 때문에 부산에는 두 선교회가 함께 상주하기로 하고 경상도 남부는 호주 장로회가 낙동강의 이북은 북장로회의 선교 구역으로 합의가 성립되었다.미국 북 장로회와 미국 북감리교의 선교회 사이의 특수 한 합의점은한국의 전 지역에서 인구 5천명이상의 도시에서는 함께 선교 사업을 진행하기로 하고 그 인구 미만의 도시에서는 먼저 선교를 개시한 선교회의담당 구역으로 한다는 내용이었다. 이 안에 대하여는 당시 한국교회를방문했던 감리교의 포스터(R.S.Foster) 감독이 동의를 하지 않아 약간의 어려움이 있기는 하였으나 이 원칙이 선교회 상호간에 그대로 적용된 것은 사실이었다.1905년 장로교와 감리교의 양 교회 사이에는 선교 구역을 재조정할 필요가 발생하였다. 그리하여 평안북도에서 영변을 중심으로 한 지역은북감리교에서 맡기로 하고 그외의 강계와 선천 등 지역은 북 장로회의 선교 구역으로 결정하였다.한국 선교 도상에 있어서 아무래도 각 교파의 선교사들 사이에 부딛치는 난관이 전혀 없는 것이 아니었다. 난관이 전혀 없는 것이 아니었다.그러나 선교사들은 상호간에 협동정신을 잘 발휘하여 순조롭게 사업을진행하여 선교의 실적을 크게 올릴 수 있었다고 하는 것은 칭찬을 받을만 하기에 충분하다.한국에 들어온 선교사들은 교파를 초월하여 친선을 도모하면서 예배도드리고 전도사업도 함께 협력하여 좋은 결과를 나타내었다. 하나가 되어 하는 선교의 성과는 초기 한국교회의 발전을 이룩하게 하는 커다란기반이 되었다.한국에 있어서 하나의 장로교회, 하나의 감리교회를 구성한데 있어서각기의 선교 배경은 달랐지만, 동일 교파 선교사들끼리의 협동과 예양의 소산임을 결코 부인해서 안된다. 그러나 이러한 지역 구분이 결과적으로 한국교회에 지역 관념을 조성하는 누룩이 되었다고 한다면, 폐단의 지적을 면할 길이 없을 것입니다.