존 페이튼의 남태평양에서의 선교활동은 눈부신 것이었다. 여러 차례의 위기를 넘긴 후 일부 원주민들의 참여와 협조로 선교사업은 순조를 띠었다. 그는 한 개의 섬에 만족하지 않고 선교선을 마련하여여러 개의 섬을 돌며 말씀을 전하고 의료, 교육 등 계몽활동도 벌였다. 원시적 세계에서의 선교활동 중에는 예기치 않은 곤경과 시험이늘 있었고, 그 때마다 하나님의 보이지 않는 손길이 그를 도왔다.한번을 섬의 반대편에 주재하던 다른 선교사 부인이 급병을 얻어 그를 구제하러 갔다가 큰 풍랑을 만났다. 배가 올바른 항로를 찾기 힘든 상황이었으나 예상밖에 간조상태가 되어 갯벌을 걸어서 살아돌아올 수 있었다. 그의 열심과 여러 가지 이적 등으로 원주민들은 그를신뢰하기 시작했다. 하루는 인근 원주민 다수가 그를 찾아와 지금껏그들이 섬기던 우상의 표적, 제의, 기구 등을 쌓아놓고 불을 지르고집단개종을 하기도 했다.이러한 헌신에 힘입어 19세기가 끝날 무렵, 죽음의 섬이라 불린 남양군도에 크리스천이 30만 명에 달했다.