이문우는 어느 믿는 부인의 양자가 되어 서울로 올라와 장가를들어 슬하에 두 자녀를 두었으나 처자가 다 죽자 독신으로 살며 전도와 자선사업에 몰두하였다.그러다가 1839년 11월 5일에 포졸들에게 잡혔다. 그는 "하나님께서특별한 은혜로 나를 부르시니 어찌 순종하지 않으리오"라고 하였다. 그는 감옥에 있으면서 배교한 교우들을 보자 슬픔과 두려움이 생겨 "나는어떻게 될 것인가. 저 불쌍한 사람들이 나보다도 훌륭한 생활을 하였을는지도 모를 것이다. 그런데도 개같이 타락하였으니 하나님이여, 약한저를 도우소서"라고 하였다. 그가 죽기 엿새전에 쓴 편지가 전해진다."..하나님께서는 인자하심으로 우리를 위하여 독생자를 보내시고만대만민에게 생명을 주시기 위하여 보혈을 흘리셨습니다. 그러나저는 불쌍하게도 제 일생을 통하여 그 지혜를 몰랐으며 하나님을위하여 털끝만치도 덕을 닦지 못하였습니다. 그뿐 아니라 하나님을거스르지 않은 날이없습니다. 저는 어찌 이다지도 미련한 자가 되었습니까..."그는 1840년 2월 3일에 서울성 가까이 있는 동고개라는 곳에서여러 성도들과 함께 목베임을 당하였다.