언더우드 목사가 한국에 들어온지 약 2개년의 세월이 흘렀다. 이때에서울안에는 상당수의 신자가 생겨 있었으나 아직까지 교회당이 없었다.언더우드 목사는 조직된 하나의 교회가 세워져야 할 것이라고 판단하였다.때마침 중국 만주로부터 로쓰 목사가 입경하여 한국 선교문제 전반에관하여 협의하게 되었으며, 그 자리에는 알렌 의사도 참석하여 교회설립에 관한 의견 교환에 있어 일치를 보았다.(F.H.Harrington, God, Mammon and the Japanese, Dr H.N Allen andKorea - American Relations 1884-1905,P41)언더우드 목사는 1887년 9월 27일 서울 정동 자기집에서 14명 신자를모아 예배를 드리고 새문안교회의 출발을 기약하였다.그해 10월 7일에 언더우드 목사가 본국에 보고한 글에 교회 조직에 관한 상보가 실려있다. [여기 사업은 점차 발전하고 있습니다. 한 주일전화요일에 장로 두 사람을 선택함으로써 최초의 한국 장로교회를 조직했습니다. 이 두사람은 지난 주일에 안수를 받아 취임했습니다. 우리는14명의 교인들로 조직했는데 지난 주일에는 한 사람이 더 첨가 되었습니다. 교인은 계속하여 증가한다는 말할 수 있겠습니다. 우리는 세례 신청자 상당수를 가지고 있으며, 그들 전부는 열성과 심각성에 있어서 어느 누구에게도 뒤떨어지고 있지 않습니다.(새문안교회 85년사, 48-49쪽) 언더우드 목사의 저택은 현재의 정동 13번지였으며 옛날 돈의문 즉 속칭 새문안쪽에 위치하고 있었다.새문이라는 이름에 대해서는 태조가 도성을 쌓았을 때는 서대문과 동대문은 일직선상이 있었으나, 세종 4년에 그 지점에 옮겨세우면서 새로낸문이라하여 새문이 됐다는 것이다. 지금은 헐리고 없는 새문은 구 서울고등학교 정문 앞에 있었다.새문안교회는 처음에 정동교회 또는 서대문교회라고 불렀다. 이 새문안의 조선집인 언더우드의 사랑채에서 최초의 정식예배가 올려지고 이것이 새문안교회의 기원이 된 것이다.천주교 대박해의 후유증이 아직 가시지 않은 때인지라, 무척 조심스러웠고 또한 말도 잘 통하지 않아 약식으로 예배를 드릴 수 밖에 없었다고 언더우드 목사는 회상하였다.감격스러운 교회 조직의 날에 빠져서 안될 인물이 로쓰 목사였다.이날에 로쓰 목사는 만주지역 안에 있는 한국인 신도들을 전부 한국교회 전체를 영위해야할 장로 장립에 관한 문제도 함께 토의하였다.초창시기의 한국교회 사정을 참작하여 지역이나 자타 교회 관념을 초월하여 지금까지 복음전파를 위해 업적을 쌓아올린 두 인물, 즉 백홍준과서상륜을 아무 이의없이 선출할 것에 완전히 합의하였다.( L.G.Under-wood of Korea,P149,새문안 교회 70년사,PP 22.63, 장로회신학대학70년사 P 12)이 역사적인 한국교회 최초의 교회가 조직되던 날, 새문안교회 창설예배에 한국교회 최초의 전도자인 백홍준과 서상륜, 한국교회 최초 선교사인 알렌의사와 언더우드 목사 그리고 중국 만주에서 한국인에게 최초로 복음을 전달해 준 로쓰목사 등, 이렇게 거대한 인물들이 한자리에모여 뜻을 같이하였다는 사실을 새문안교회가 장차 한국장로교회의 어머니 교회로서의 거보를 내딛게 됨을 빛나는 영광의 모습이었다.새문안교회는 선교의 교회라기 보다는 한국인이 스스로 전도하고 신앙을 고백하여 이룩한 자생교회라는 시각에서 바라볼 수도 있을 것이다.언더우드 선교사는 목사라는 신분이었기에 그들은 신앙을 살펴보고 확인하였고 그리고 목회적인 관심을 발휘하여 한국인 장로를 장립하기 까지에 이르러 조직교회의 출현을 보게한 것이다. 그렇다고 하면 새문안교회는 자생과 선교의 아름다운 접목이었다고 본다면 아주 더 적합할것이다.조직된 새문안교회는 전국에 아직 하나밖에 없는 교회였기에 전국의 교이ㅐㄴ들이 모두 여기에 소속돼 있는 사정이었다. 그러기에 멀리 북쪽으로는 압록강 하류의 의주에 있는 신자들도 장로가 된 백홍준과 함께그리고 서상륜이 이주하고 있는 서해안의 황해도 솔내의 교인들까지 서울에 있는 새문안교회의 일원으로 언더우드 목사의 목회아래 있을 수밖에 없었다.